RNAseq™ | 转录组检测分析

 

 

      RNAseq™ | 转录组检测分析，精准定性定量筛选样本间mRNA差异表达。

 

      转录组测序是采用Illumina测序平台，对特定组织或细胞在某个特定状态下转录的所有mRNA进行测序，与参考基因组进行比对，既可以全面快速地获得mRNA序列和表达丰度信息，又可以进行融合基因、可变剪切等结构分析。

 

     实验及服务流程：

      

     售前咨询→样本采集→样本质控→RNA提取→文库构建→Illumina测序仪测序→数据分析→报告发送→售后支持

 

     结果示例图：

     

 

样本基因表达量分布盒形图

（计算各样本所有基因的表达值(FPKM)后，通过盒形图可以展示不同样本基因表达水平的分布情况。横坐标为样品名称，纵坐标为log2(FPKM+1)，每个区域的盒形图对五个统计量，至上而下分别为：最大值，上四分位数，中位数，下四分位数和最小值。)

 

 

差异基因数目统计柱状图

（蓝色和灰色柱子分别表示上调和下调的差异基因，绿色的柱子表示总的差异基因，柱子上的数字表示差异基因数目。）

 

差异基因火山图

（火山图可直观展示每个比较组合的差异基因分布情况。横坐标表示基因在处理和对照两组中的表达倍数变化，纵坐标表示基因在处理和对照两组中表达差异的显著性水平。上调基因用红色点表示，下调基因用绿色点表示，蓝色的虚线表示差异基因筛选标准的阈值线。）

      

差异表达基因聚类热图

（横坐标为样品名，纵坐标为差异基因FPKM归一化后的数值，颜色越红，表达量越高，越绿，表达量越低。热图中还添加了每个基因所属的染色体，基因长度以及基因的生物学类型。）

     

       

GO富集分析柱状图

（横坐标为GO Term，纵坐标为GO Term富集的显著性⽔平，用-log10(padj)表示，不同的颜色分别表示不同的功能分类。）

       

   

 KEGG富集散点图

（横坐标为注释到KEGG通路上的差异基因数与差异基因总数的比值，纵坐标为KEGG通路名称，点的大小代表注释到KEGG通路上的基因数，颜色从红到紫代表富集的显著性大小。）

 

Reactome富集分析柱状图

（横坐标为Reactome通路名称，纵坐标为通路富集的显著性水平，数值越高越显著。）

 

蛋白互作网络图

（protiens表示能够注释到string数据库中的蛋白的个数，interactions表示的是两个蛋白之间相互作用的个数。）

 

融合基因染色体分布图

（融合基因事件在染色体上的分布用circos图进行展示，图中的环由多条染色体组成，环内每条线代表一个融合事件，线的两端代表融合事件的断点位置，红色表示融合基因的上下游基因来源于同一条染色体，蓝色表示融合基因的上下游基因来源于不同染色体，线的粗细代表融合基因的表达水平。）

 

变异位点区域统计图

（横坐标表示样本名称，纵坐标表示不同基因组区域（EXON、INTRON、INTERGENIC）变异的数量。）

       

       应用领域：

   

        1.  肿瘤发生发展及致病分子机制研究

        2. 其他各种疾病发生发展及致病分子机制研究

        3. 植物发育和抗盐抗逆等相关分子机制研究

        4. 细胞分化和信号转导等生物学过程研究

        5. 干细胞分化、发育及相关研究

       

        更多应用领域及其他技术问题，详情请咨询售前技术支持，联系电话/微信：17349797961